La Casa di Apollo raggiunse la propria configurazione definitiva nell'ultima fase di vita di Pompei, quando la proprietà venne ampliata verso le mura della città per realizzare un grande giardino disposto su due livelli.
Il settore del giardino costituisce la parte più spettacolare della dimora. Al livello inferiore si trovava una fontana marmorea dotata di gradini sui quali l'acqua poteva scorrere creando una piccola cascata.
Sul giardino si affacciava un triclinio estivo affiancato da un ambiente decorato esternamente come una grotta artificiale. Le pareti erano impreziosite da mosaici realizzati con conchiglie e paste vitree colorate.
Uno dei mosaici ancora conservati sul posto raffigura Ulisse che riconosce Achille, nascosto tra le figlie del re di Sciro. Altri due pannelli, con le Tre Grazie e con Achille e Agamennone, sono oggi conservati al Museo Archeologico Nazionale di Napoli.
Le numerose immagini collegate al mito di Apollo hanno dato il nome moderno alla casa. Il ritrovamento di un anello-sigillo ha inoltre suggerito una possibile appartenenza della dimora ad Aulus Herenuleius Communis, attribuzione che è opportuno considerare probabile ma non certa.